Chapter 2 Methods in Molecular Biology and Genetic Engineering
Create Time: 2022-06-24 Update Time: 2022-06-27 2.1 Introduction 我们的生命科学研究离不开工具的辅佐，这一章主要介绍了一些相关的分子生物学研究方法，其中包含了非常重要的两类：
限制性内切酶（restriction endonucleases）
克隆载体（cloning vectors）
随着发展，我们已经进入到了可以在全基因组层面研究功能和表达了。所以这章将介绍一些起源工具及一些最近的工具。
2.2 Nucleases Nucleases能水解磷酸二酯键中的酯
Phosphatases只能水解磷酸单酯键中的酯
Phosphatase也是很重要的，尽管它只能水解末端的磷酸酯键，这样它就能去掉末端的磷酸盐，这样的作用可以用于连接多条链（ligating or connecting chains）。也可以用来使用32P来做标记。
Nucleases可以分成两类：
外切酶（exonuclease）：只能从链的末尾开始水解
内切酶（endonuclease）：可以从链的中间开始水解
不同的nucleases的targets也不同，例如有针对DNA的也有针对RNA的，有针对单链的也有针对双链的，还有针对于DNA/RNA hybrid的（例如：RNaseH，在lib prep中最常用到的，至少对我来说）。而且不同的nuclease可能还有序列的偏好，例如pancreatic RNase A，就偏好于在pyrimidine（C，T）后切。这种有很强的序列特异性的，我们就叫做限制性内切酶（restriction enzyme）。
限制性内切酶也有三种分类：
Type I：剪切的位点与识别的位点相差1000bp
Type II：序列的识别与剪切位点相同，换句话说就是剪切识别位点。这类特异性序列是回文的（inversely palindromic）
Type III：剪切的位点与识别的位点相差20-30bp
剪切完后的末端可能形成两种，一种是staggered，一种是blunt。来源不同的限制性内切酶如果识别的位点相同，但是也可能产生不同的剪切结果，主要是产生的末端可能有差异，这样的限制性内切酶集合叫做isoschizomers。 When a DNA molecule is cut with a suitable restriction enzyme, it is cleaved into distinct, negatively charged fragments.
