RNA Strandness
Create Time: 2022-09-12 Update Time: 2022-09-13 我一直想要好好的整理一下有关于RNA-seq的实验中,stranded相关信息,但是从我有记录这项任务开始,到今天可能有一年多了。虽说网上已经有了很好的资源,说明的很清楚(参考目录中),但是毕竟是别人的,我觉得还是有必要整理一下,让自己更加清晰。
首先有很多下游(相对于实验来说)的分析,都需要有这项信息,来获得更加准确的结果,包括但不限于比对、转录组组装等。对于有些资深的人来说,几乎知道实验过程中使用的什么kit,就知道应该使用什么参数,可是仍旧有可能,当我们的数据来自于公共数据库,或者我们的数据是由公司产出,公司并没有使用标准的protocol,而是有一些小的修改,那么就可能造成strand信息的不正确。
NOTE It is very possible that a sequencing provider/core may make modifications to these kits. For example, in one case we obtained RNAseq data processed with NEBNext Ultra II Directional kit (dUTP method). However instead of using the NEB hairpin adapters, IDT xGen UDI-UMI adapters were substituted, and this results in the insert strandedness being flipped (from RF/fr-firststrand to FR/fr-secondstrand).